Seit Anfang der 1990er Jahre tritt bei Schwarzerlen eine neue Krankheit auf, die durch bodenbürtige Mikroorganismen der Gattung Phytophtora verursacht wird.Die Erlenphytophtora infiziert die Erlen vermutlich über die Wurzeln. Zunächst entstehen sogenannte "Teerflecken" am Stamm, außerdem sind die Blätter hellgelb verfärbt. Die Bäume sterben unter ungünstigen Bedingungen vollständig ab. Langfristig hat das Erlensterben schwerwiegende Folgen, da Erlen zu den wichtigsten Baumarten in Feuchtgebieten und an Gewässerufern zählen. Die Schwarzerle ist das einzige Gehölz, das die mechanische Festigkeit der Ufer entlang von Flüssen und Bächen gewährleistet und die Ansiedlung weiterer Pflanzen ermöglicht. Erlen sind somit für den Hochwasserschutz unverzichtbar.

Die Faktoren, die eine Infektion mit Erlenphytophtora begünstigen sind bisher nicht genau bekannt, deshalb gibt es auch keine vorbeugenden oder direkten Bekämpfungsempfehlungen. Bei der Pflanzung sollte jedoch berücksichtigt werden, dass möglichst gesundes und kräftiges Pflanzgut gewählt wird und die Pflanzung möglichst schonend, das heißt ohne Wurzelverletzung durchgeführt wird, berichtete die Zeitschrift "Natur und Landschaft".

Renate Kessen, AID